Para el cumplimiento de estas funciones, y en el marco de la Misión que se ha dado y de los criterios e instrucciones que imparta el Superintendente, se organiza orgánica y funcionalmente de acuerdo a la siguiente estructura:
2° INTENDENCIA DE FONDOS Y SEGUROS PREVISIONALES DE SALUD
3° INTENDENCIA DE PRESTADORES DE SALUD
5° DEPARTAMENTO DE ESTUDIOS Y DESARROLLO
6° DEPARTAMENTO DE ADMINISTRACIÓN Y FINANZAS
8° GESTIÓN CORPORATIVA Y PARTICIPACIÓN CIUDADANA
11° POLÍTICAS PÚBLICAS EN SALUD
12° PLANIFICACIÓN, INNOVACIÓN Y CONTROL DE GESTIÓN
Resolución Exenta N°347 del 01/04/2025 que establece Estructura y Organización Interna en la Superintendencia de Salud.