A continuación se muestra el Organigrama de la Institución y la Estructura Orgánica donde se establece la organización Interna de la Superintendencia de Salud.
Para el cumplimiento a las funciones, y en el marco de la Misión de la Superintendencia de Salud, y de los criterios e instrucciones que imparte el Superintendente, la Institución se organiza orgánica y funcionalmente de acuerdo a la siguiente estructura:
2° INTENDENCIA DE FONDOS Y SEGUROS PREVISIONALES DE SALUD
3° INTENDENCIA DE PRESTADORES DE SALUD
5° DEPARTAMENTO DE ADMINISTRACIÓN Y FINANZAS
6° DEPARTAMENTO DE ESTUDIOS Y DESARROLLO
7° UNIDAD DE AUDITORÍA INTERNA
9° UNIDAD DE COORDINACIÓN REGIONAL
10° UNIDAD DE PLANIFICACIÓN, INNOVACIÓN Y CONTROL DE GESTIÓN
11° UNIDAD DE GENERACIÓN DE ESTADÍSTICAS Y DATOS
Resolución Exenta N° 530 del 27/07/2021 que establece Estructura y Organización Interna en la Superintendencia de Salud y Deroga Resolución Exenta N°260 del 1 de abril de 2019 y sus modificaciones.